Foi numa manhã de março, em 1907, que a ideia de criar uma Associação que representasse os alunos da Escola Politécnica, antecessora da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, nasceu por iniciativa de Luiz Passos. A data de fundação da AEFCL ainda é incerta, pois com as pesquisas realizadas até à atualidade ainda não se encontrou nenhuma data concreta, no entanto pensa-se ter sido criada na semana em que se celebra o aniversário de Ciências, ou seja, depois de 19 de abril.

A AEFCL nos seus primórdios (1907) era composta por alunos e professores, para que os últimos pudessem prestar auxílio aos estudantes que faziam parte da Associação e os seus membros, todos homens, eram intitulados d’ “Os Mestres”. Em 1911 deu-se a criação da Universidade de Lisboa, no entanto, a Associação já teria sido fundada previamente, com uma designação inicial ainda por apurar, assumindo a nomenclatura de Associação dos Estudantes da Faculdade de Ciências de Lisboa em 1909, designação esta que se manteve até à data.

220px-aefcl_1907Já em 1985 deu-se a mudança de instalações da Escola Politécnica (na qual as antigas instalações da AEFCL – atual Teatro da Politécnica – ainda estão marcadas, com o seu mocho, na calçada à entrada) para o Campo Grande.

No Campus da Faculdade de Ciências, a AEFCL já mudou as suas instalações diversas vezes, sendo que as mais marcantes foram após 1 de setembro de 2013, quando, infelizmente, devido a um incêndio nas suas instalações teve de se mudar para o C4. Em setembro de 2015 a AEFCL mudou-se para o C7, onde atualmente se encontra, o que permitiu que crescesse e melhorasse enquanto Associação.

Ao longo dos anos as direções da AEFCL sofreram mudanças drásticas: o seu modo de organização, comissões impostas pelo governo, a primeira mulher a ser Presidente da AEFCL (Glória Ramalho, em 1970), direções horizontais sem  presidente, entre outras. As iniciativas realizadas por cada direção foram diversas em todas as áreas em que a AEFCL atua, desde a realização da JobShop de Ciências (que de ano para ano ganha novas dimensões), Semanas Culturais, criação de grupos de teatro e equipas desportivas, diversos eventos recreativos e desportivos, workshops, debates, renovação constante do seu merchandise, representação estudantil dentro e fora da Faculdade, ou até, uma rádio online – radioActividade – em 2010, não esquecendo, claro, as diversas publicações da AEFCL.

Todas as direções marcaram a AEFCL, tornando-a naquilo que é hoje: uma Associação de portas abertas, dos estudantes para os estudantes.

No dia 28 de abril de 2017, em virtude no 110.º aniversário da AEFCL, foi inaugurada no Espaço Multiusos Eduardo Matos uma exposição que decorreu durante 1 mês e que permitiu aos alunos viajar no tempo e conhecer um pouco mais sobre a história daquela que é uma casa para muitos estudantes.