A Associação dos Estudantes da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa é constituída por quatro órgãos sociais:
Reunião Geral de Alunos (RGA)
A RGA (Reunião Geral de Alunos) é o órgão social deliberativo máximo da AEFCL e é composta por todos os alunos.
Mesa da Reunião Geral de Alunos (Mesa da RGA)
A Mesa da RGA é responsável por presidir e coordenar os trabalhos das reuniões da RGA da AEFCL.
Direção da Associação dos Estudantes da Faculdade de Ciências de Lisboa (Direção da AEFCL)
A Direção é um órgão executivo máximo da AEFCL, definindo e coordenando as atividades da AEFCL que possam dar cumprimento dos objetivos estabelecidos nos presentes estatutos. A Direção está dividida em vários departamentos:
- Presidência;
- Secretariado;
- Recreativo;
- Pedagógico e Política Educativa;
- Comunicação e Imagem;
- Desporto;
- Cultural.
Conselho Fiscalizador
O Conselho Fiscalizador é o órgão que fiscaliza a atividade da AEFCL, bem como o cumprimento dos seus estatutos.