A Associação dos Estudantes da Faculdade de Ciências de Lisboa é constituída por quatro órgãos sociais:
Reunião Geral de Alunos (RGA)
A RGA (Reunião Geral de Alunos) é o órgão social deliberativo máximo da AEFCL e é composta por todos os alunos.
Mesa da Reunião Geral de Alunos (MRGA)
A Mesa da RGA é responsável por presidir e coordenar os trabalhos das reuniões da RGA da AEFCL.
Direção da Associação dos Estudantes (DAE)
A Direção é um órgão executivo máximo da AEFCL, definindo e coordenando as atividades da AEFCL que possam dar cumprimento dos objetivos estabelecidos nos presentes estatutos. A Direção está dividida em vários departamentos:
- Presidência;
- Departamento de Desporto;
- Departamento de Cultural e Recreativo;
- Departamento Pedagógico e de Política Educativa;
- Departamento de Comunicação e Imagem;
- Departamento de Apoio ao Associativismo;
- Departamento de Saúde e Ecologia;
- Departamento de Inclusão e Integração;
- Departamento de Recursos Humanos;
- Departamento de Relações Externas.
Conselho Fiscalizador (CF)
O Conselho Fiscalizador é o órgão que fiscaliza a atividade da AEFCL, bem como o cumprimento dos seus estatutos.